生物与医学2022cell.com编辑精选
对完整最小细胞生命的详细模拟
Detailed simulation of complete minimal cellular life
进阶 · 约 90 分钟读完前置知识：细胞生物学基础、代谢通路基础、计算建模基础
导读
这篇论文对一种最小化人工细胞（JCVI-syn3A，仅含约500个基因的支原体合成细胞）进行了全细胞级别的详细计算机模拟，整合了已知的代谢反应、物质通量等数据，试图系统化地刻画最简单生命形式的完整运作。作者构建了涵盖细胞内主要过程的模型，并与已发表的实验结果进行对照验证。
HN 关注点：完整模拟一个活细胞是计算生物学的里程碑式尝试，HN 读者关注其技术实现方式，以及这类模型是否具有真正的预测能力。
HN 评论精选
这几条评论里：支持 1 质疑 1 补充 2
质疑质疑模型缺乏可检验预测，难以评估其有效性
这项工作在综合和系统化最小细胞中已知反应和通量方面确实很有意思。但这篇论文和微生物建模领域的许多其他研究一样——几乎没有提出任何可检验的预测。如果至少不了解模型的预测准确性，很难认为论文提出的代谢模型是有效的。与已发表结果的一致性似乎不算很有力的证据。
wdwvt1查看英文原文
This seems like a really interesting work in terms of synthesizing and systematizing the known reactions/fluxes in a minimal cell. However, the paper seems to be like many other modeling studies in the field of microbiology - there are either no, or very few testable predictions made. It's hard to think of the model of metabolism this paper presents as valid without at least some idea of it's predictive accuracy. The concordance with previously published results does not seem like very strong evidence.
补充称赞论文开放获取
整篇论文可以在期刊网站免费获取，这太好了。如今大多数期刊都是付费访问的（而且作者拿不到任何分成）。
aluminum96查看英文原文
It's wonderful that the entire paper is available freely from the journal. Most journals these days are pay-for-access (and none of the payment makes it to the authors).
补充指出模拟依赖初始状态，呼吁发展原子级细胞扫描技术
模拟似乎需要知道系统的初始状态。我希望有更多努力专注于找到能将细胞成分扫描到接近原子级的方法。据我所知，最接近的工具是原子力显微镜和扫描电子显微镜，都是几十年前的技术了，而且它们侵入性强，只能扫描物体表面。要模拟细胞，需要知道细胞内原子的位置和电荷密度。
soheil查看英文原文
Simulation seems like a step that requires knowing the initial state of a system. I wish there were more efforts focused on finding ways to scan the constituents of a cell all the way close to the atomic level. As far as I know the closest thing we have are Atomic Force Microscope and Scanning Electron Microscopy both several-decade-old technologies. They're also pretty invasive and require access to the surface area of the object to be scanned. Knowing the position and charge density of atoms in a cell is required to simulate it.
支持认为完整细胞模拟将带来理解和改造细胞的能力
很好！这看起来是非常重要的工作。随着我们越来越接近能完整模拟更复杂的细胞，就有可能进行那种不仅能理解细胞、还能调校细胞去做我们所需工作的分析。真希望我读这篇论文时有更广的生物背景！
ChuckMcM查看英文原文
Nice! This looks like really important work. As we get closer to being able to completely simulate more complex cells, it becomes possible to do the sorts of analysis that leads to not only understanding the cell, but how to tune cells to do exactly what we need them to do. I wish I had a broader bio background while reading the paper!
相关资源
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历次讨论
- 2022Hacker News 讨论帖155 分 · 31 评
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