生物与医学2021biorxiv.org
Borgs 是巨大的染色体外元件
Borgs are giant extrachromosomal elements
进阶 · 约 60 分钟读完前置知识：微生物基因组学基础、染色体外遗传元件（质粒）概念、古菌分类学基础
导读
这篇预印本研究在古菌 Methanoperedens 中发现的一类巨大染色体外遗传元件，作者借用《星际迷航》命名为 Borg。这些元件长达数十万碱基对，携带与宿主代谢（如氧化甲烷）相关的基因，并含有大量完美串联直接重复序列等独特结构特征，可能通过水平转移影响宿主代谢能力。
HN 关注点：其潜在的 CRISPR 级别重要性（论文作者 Jill Banfield 本人的推文引发讨论），以及 Borg 这一命名和巨大染色体外元件这一新颖生物学现象。
HN 评论精选
这几条评论里：支持 1 质疑 1 补充 2
补充指出 Borg 携带与真核'穹窿细胞器'相关的蛋白，暗示其功能可能很独特
有趣的是，所有 Borg 都携带大型 FtsZ-微管蛋白同源物，可能参与膜重塑或分裂，还有类似主要穹窿蛋白（Major Vault Protein）和 TEP1 样 TROVE 结构域蛋白的蛋白质，而这些在 Methanoperedens 基因组中并不存在。这些蛋白已知构成高度保守且神秘的真核穹窿细胞器——一种核糖核蛋白，被认为与多药耐药性、核质运输、mRNA 定位和先天免疫有关。
jkhdigital查看英文原文
> Intriguingly, all Borgs carry large FtsZ-tubulin homologs that may be involved in membrane remodeling or division, and proteins that resemble Major Vault Proteins and the TEP1-like TROVE domain protein that also do not occur in Methanoperedens genomes (Table S5). These are known to form the highly conserved and enigmatic eukaryotic vault organelle, a ribonucleoprotein that has been suggested to be involved in multidrug resistance, nucleo-cytoplasmic transport, mRNA localization, and innate immunity. I can't follow most of this, but the phrase "highly conserved and enigmatic eukaryotic vault organelle" jumped out at me: https://en.wikipedia.org/wiki/Vault_(organelle)
质疑转述作者推文称其为 CRISPR 级别发现，求证其重要性
我对硬核生物技术完全外行，但听说这被称为 CRISPR 级别的进展，依据是论文作者之一 Jill Banfield 的推文。这里有人能证实或否认吗？
fortydegrees查看英文原文
I'm completely in the dark when it comes to hard biotech, but have heard this labelled as a CRISPR-level development. Based off this tweet[0] from one of the paper's authors. Can anyone here confirm or deny this? [0]: https://twitter.com/BanfieldJill/status/1414647658786922496
补充科普：这些宿主是古菌而非细菌，古菌兼具真核与细菌特征
惊讶没人指出这些生物严格来说不是细菌。它们来自古菌域——一类类似细菌但高度多样的生命。古菌像是真核生物和细菌的奇特混合体，兼具两者特性。这种分类直到 70 年代才被认识，所以大多数人可能不熟悉。它们真是很酷的小家伙！
tmearnest查看英文原文
I’m surprised that no one commented on the bacterium in question isn’t strictly bacteria. They’re from Archean domain of life, which is a highly diverse class of bacteria like species. Archaeons are like weird mashups of eukaryota and bacteria with properties shared between them. This separation wasn’t known until fairly recently (70s), so it may not be familiar to most. They’re really cool lil bugs!
支持欣赏 Borg 命名及其独特的串联重复特征，并开玩笑建议另一名字
'三个或以上完美串联直接重复（TDR）是 Borg 基因组的特征'——我从没想过会在生物学论文里读到这句话。感谢论文中提到的 Elliot Smith 提出这个名字，希望它被生物学界接受时不会遇到阻力。（较真的我想说：这些元件应该叫 nanoprobes；Borg 是你被小东西进入血液后变成的东西。）
TeMPOraL查看英文原文
"Sets of three or more perfect tandem direct repeats (TDR) are a characteristic feature of the Borg genomes" is not something I ever expected to read in a biology paper. Kudos to Elliot Smith mentioned in the paper for proposing the name. I hope that any resistance for it to become accepted term in biological sciences will be futile. (The pedant in me wants to say, these elements should be called nanoprobes; a Borg is the thing you become when you let the small things get into your bloodstream.)
相关资源
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- 视频与演讲
历次讨论
- 2021Hacker News 讨论帖180 分 · 40 评
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