生物与医学2021pnas.org
人类宏基因组病毒目录揭示慢性疾病关联
Catalog of viruses from human metagenomes reveals chronic disease associations
进阶 · 约 90 分钟读完前置知识：宏基因组学基础、病毒学基础、统计学关联分析
导读
这篇 PNAS 论文从人类宏基因组数据中系统整理出一份病毒目录（病毒组），并将这些病毒的丰度与多种慢性疾病状态进行关联分析，发现若干病毒在患病人群中呈现富集或减少。研究强调的是相关性而非因果，作者也指出需要在更多独立人群中验证。
HN 关注点：微生物组中被长期忽视的病毒部分（尤其是噬菌体）与慢性疾病之间关联的可信度与因果关系边界。
HN 评论精选
这几条评论里：支持 1 质疑 1 补充 2
支持微生物组研究过度聚焦细菌，病毒等组分同样可能关键，且基因组计划式的大跃进的教训值得记取。
在微生物组研究如此火热、它与其他器官（甚至大脑）的联系及在多种疾病中的作用被广泛讨论的背景下，我觉得令人有点不安的是：我们对微生物组中细菌以外的其他组分了解得实在太少。某个特定噬菌体或任何其他生物的存在与否，可能和细菌物种间的相对平衡同样重要，甚至更重要。我很高兴这类目录在不断扩充，我们能拿到更多这样的数据集，比如人类蛋白质图谱。还记得我们曾以为人类基因组计划能“解决生物学”吗 :)
wpasc查看英文原文
With all the excitement around the study of the microbiome, its connection to the other organs (even brain), and role in a wide variety of diseases, I find it a bit daunting how little is understood about the other components of the microbiome beyond bacteria. The presence or absence of a specific phage or any other organism could be just as important if not more than relative balance of bacterial species. I'm glad that these catalogs are growing and we are getting more datasets like this and the human protein atlas. Remember when we thought the human genome project was going to "solve biology" :)
质疑强调关联不等于因果，列举多种可能的混杂解释，并呼吁在独立人群中重复验证。
应当强调：关联并不必然意味着因果，病毒与某种疾病状态之间可能存在多种关联关系。例如，病毒丰度可能只是反映其细菌宿主丰度的伴随现象；使人易患某病的宿主遗传因素，也可能同时为病毒或其细菌宿主提供更有利的环境；疾病的外部成因也可能为病毒创造更有利的环境；又或者病毒在某种程度上参与了疾病表现，但脱离其他重要因素并不能单独致病。用针对相同疾病的独立研究在其他人群中验证我们检测到的关联，将是理解这些发现可推广程度的关键。
contingencies查看英文原文
It should be stressed that association does not necessarily imply causation, and a variety of associative relationships between viruses and a given disease state are possible. For instance, virus abundance might simply be an epiphenomenon reflecting bacterial host abundance, the human genetics that predispose people to a disease might also provide a more favorable environment for the virus or its bacterial host, the external causes of a disease may create a more favorable environment for the virus, or the virus may contribute to the disease presentation in some way but ultimately does not cause the disease in isolation from other important factors. Verifying the associations we have detected with independent studies of the same diseases in additional populations will be key to understanding the extent to which the findings presented here are generalizable.
补充补充资料：作者本人在推特串中提供了研究的更多背景细节。
作者 Michael J. Tisza 也在这一条推特串里分享了一些细节：https://twitter.com/MikeTisza/status/1400528027285557248
zeeshanqureshi查看英文原文
The author, Michael J. Tisza also shared some details in this twitter thread https://twitter.com/MikeTisza/status/1400528027285557248
补充补充同类研究：有噬菌体在非 IBS 人群中更常见，可作为对照参考。
如果有人对这个话题的其他工作感兴趣，这里有一篇我的导师 Mark Young 的文章：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27573828/ 他们发现某些噬菌体（感染细菌的病毒）在没有肠易激综合征（IBS）的人群中比在患病人群中更常见。
COGlory查看英文原文
If anyone is interested in other work on this topic, here is an article by one of my mentors, Mark Young: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27573828/ They found bacteriophages (viruses that infect bacteria) that were more common in people without IBS than with.
历次讨论
- 2021Hacker News 讨论帖146 分 · 9 评
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