生物与医学2020academic.oup.com
Covid-19 现已存在两种形式，表明其至少已突变一次
Covid-19 now exists in two forms, indicating it's already mutated at least once
入门 · 约 30 分钟读完前置知识：基础遗传学、病毒学常识
导读
这篇论文通过基因组分析提出新冠病毒已存在 L 和 S 两种主要类型：S 型是更古老的祖先版本，L 型（约占 70%）在武汉早期疫情中更普遍，2020 年 1 月初后频率下降，作者推测人类干预对传播更快、更 aggressive 的 L 型施加了更强的选择压力。论文据此认为病毒至少已发生一次显著变异。
HN 关注点：疫情早期关于病毒是否正在变异、不同毒株毒力是否不同的讨论备受关注，而该论文的方法和结论在科学界引发了明显争议。
HN 评论精选
这几条评论里：质疑 1 补充 3
质疑质疑论文：突变有 111 种而非 2 种，单点划分毒株缺乏依据
r/COVID19 子版块（科学家聚集的地方）上有对这篇论文相当尖锐的批评：实际上已有 111 种不同的突变，而不是 2 种；只挑出一个点突变作为划分'毒株'的任意分界线，而无视其他 110 个已记录的突变，是有误导性的。目前没有足够证据支持作者的说法，即这个特定突变能造成其他突变所没有的可观察的繁殖或毒力差异。
nostrademons查看英文原文
There's some pretty sharp criticism of this paper on the r/COVID19 subreddit (which is the one where the scientists hang out): https://www.reddit.com/r/COVID19/comments/fdsltf/about_the_l_and_s_strains/ Basically, there are 111 different mutations, not 2, and it's misleading to point to a single point mutation and set that as the arbitrary division point between strains while ignoring the other 110 mutations that have been catalogued. There is currently not enough evidence for the researcher's claims that this particular mutation causes observable differences in the virus's reproduction or virulence characteristics that the other mutations do not.
补充推测：低致死率的 S 型可能因传播优势而逐渐占主导
摘要的关键部分是：L 型（约 70%）比 S 型（约 30%）更普遍，但 S 型是祖先版本；L 型在武汉早期疫情中更普遍，2020 年 1 月初后频率下降。人类干预可能对 L 型施加了更严重的选择压力，它可能更 aggressive、传播更快；而更古老、不那么 aggressive 的 S 型可能因选择压力较弱而相对频率上升。病毒演化中常见的一点是，致死性较低的版本随时间传播得更有效。也许 L 型是更致命、在武汉杀死很多人的类型，而 S 型是更'沉默'、以更低死亡率在全球传播的类型。这可能只是我一厢情愿的想法，但意识到这种可能性很有意思。
lacker查看英文原文
The key part of the summary to me is this: Although the L type (∼70%) is more prevalent than the S type (∼30%), the S type was found to be the ancestral version. Whereas the L type was more prevalent in the early stages of the outbreak in Wuhan, the frequency of the L type decreased after early January 2020. Human intervention may have placed more severe selective pressure on the L type, which might be more aggressive and spread more quickly. On the other hand, the S type, which is evolutionarily older and less aggressive, might have increased in relative frequency due to relatively weaker selective pressure. It's too early to really know for sure, but one thing that often happens with viruses is that over time, the less fatal versions spread more effectively. It might be that the L type is the more lethal type which killed so many people in Wuhan, and the S type is the more silent type that is spreading around the world with a lower mortality rate. Probably just wishful thinking on my part, but it's interesting to be aware of the possibility.
补充纠正术语并澄清：病毒已多次突变，论文只是将其归为两类
Covid-19 是疾病的名称，病毒叫 SARS-Cov-2。病毒其实已经突变了很多次，存在很多形式，不止两种。论文说的是能把现有突变归为两大类型，每个类型内的基因组共同点多于差异。
glofish查看英文原文
Covid-19 is the name of the disease. The virus is called SARS-Cov-2. The virus has mutated plenty of times already and exists in many forms not just two. The paper talks about being able to group existing mutations into two types. Within each type the genomes share more common elements than differences.
补充补充资料：推荐 nextstrain 的新冠病毒实时演化谱系追踪
另见：https://nextstrain.org/ncov/gisaid
jml7c5查看英文原文
See also: https://nextstrain.org/ncov/gisaid
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