生物与医学2020biorxiv.org
科学家声称在 2019-nCoV 中发现 HIV 病毒样插入片段
Scientists claim to find HIV virus-like insertions in the 2019-nCov
入门 · 约 20 分钟读完前置知识：基础分子生物学、BLAST 序列比对
导读
这篇预印本论文声称在 2019-nCoV（新冠病毒）基因组中发现了类似 HIV 的插入序列，暗示病毒可能被人工改造。但 HN 上的专业评论普遍指出，作者仅凭短片段的 BLAST 比对就下结论，而这些匹配的 E 值极高（约 170），统计上完全不显著，同样能匹配到与人类无关的噬菌体序列，属于典型的低质量分析。
HN 关注点：论文在疫情初期抛出病毒被工程化的惊人说法，容易引发阴谋论，HN 读者关注的是如何用基础生物信息学知识（如 BLAST、E 值）识破这类伪科学论文。
后来怎么样
这篇预印本因低质量的 BLAST 分析被科学界迅速驳斥，作者随后撤稿；它是疫情期间病毒阴谋论传播的典型案例，也促使学界更重视预印本未经同行评审即被误读的问题。
HN 评论精选
这几条评论里：质疑 2 补充 2
质疑亲自复现 BLAST 搜索，证明所谓 HIV 插入匹配统计上完全不显著，作者要么无知要么别有用心。
抱歉，只要复现他们的研究就能很容易验证这些说法是垃圾——即对插入序列做一次针对病毒数据库的简单 BLAST 搜索。这是第一个插入序列的结果：虽然确实有一些匹配到 HIV 的命中，但同样有匹配到噬菌体的结果；噬菌体只感染细菌，与任何感染人类和动物的病毒完全无关。此外，E 值约为 170，意味着匹配在统计上完全无显著性，纯属偶然。这么高的 E 值对应的 p 值非常接近 1。发表这种论文的人要么完全无知，要么就是蓄意煽动阴谋论。
folli查看英文原文
Sorry, but it's very easy to verify that these claims are crap by replicating their study, i.e. doing a simple blast search of the insert sequence against the virus database. Here's the result of the first insert: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&RID=398N4CSR01R Although, there are some hits against HIV, there are also equally matching hits against bacteriophages; viruses that only target bacterias, they are completely unrelated to any viruses that target humans and animals. Furthermore, the E value is around 170, that means that matches are statistically completely insignificant, meaning they happened by chance only. Such a high E value corresponds to a p-value of very, very close to 1 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/tutorial/Altschul-1.html). These guys that published such a paper are either completely clueless or nefarious in trying to stir up conspiracy theories.
质疑从结构生物学角度质疑：论文缺少关键的功能定位分析，且跨蛋白移植特征在生物学上几乎不可能。
在我看来这完全是一派胡言。他们只是因为短插入片段能拿到 BLAST 命中就兴奋不已。但本着开放的心态，什么才能让我相信这有点意思？首先我想看到这些插入片段比对到 gp120 的哪些位置——是受体/糖结合区域吗？它们又对应冠状病毒上的什么位置？这些结构都是已知的，我不明白为什么论文里没有。如果这真是人工改造的，那有人能把一个蛋白的特征移植到几乎没有同源性的另一个蛋白上，我倒真会佩服——就像给大象装上猴尾巴还能让它荡树。
hirenj查看英文原文
This looks like a whole lot of rubbish to me. They're excited they managed to get blast hits for these short inserts. But in the spirit of open-mindedness, what do I need to be convinced this is even interesting? First I want to see where on gp120 these inserts align to. Are they receptor/carbohydrate binding regions? Where do they map to on the coronavirus? These structures are known, so I don't know why this isn't in this manuscript. If somehow this is engineered, I am honestly impressed that someone could take features from one protein and estimate how to engineer those same features in another protein altogether, with little homology. It's like engineering a monkey tail onto an elephant and somehow getting the elephant to swing through the trees.
补充提醒读者：未经同行评审的预印本不等于可信结论，大胆论断需要严格复现验证。
需要知道的重点是：1）一组科学家提交了一份包含异常大胆论断的待审稿件；2）在得出这种性质的结论之前，必然需要大量的审查和可复现性验证；3）这份稿件甚至还没通过正常的审查——biorxiv 上的帖子与 Medium 文章没太大区别，这样的论断需要很多人来把关。
jszymborski查看英文原文
I think the important things to know here are: 1. A group of scientist have submitted a manuscript for review with a number of exceptionally (and uncharacteristically) bold claims. 2. A huge amount of scrutiny and additional reproducibility will necessarily need to be conducted before conclusions of this nature can be drawn. 3. This manuscript hasn't even passed the normal muster... a biorxiv post isn't much different than a Medium post. Claims like these require many eyes. EDIT: My sentiment echoed by someone who know more than I https://twitter.com/DrEricDing/status/1223325141364592640?s=20
补充补充背景：中国确实在用抗 HIV 药物治疗新冠患者，这可能是论文引发关注的原因之一。
这一点特别有意思，因为有报道称中国正在冠状病毒患者身上测试 HIV 疗法：https://www.reuters.com/article/us-china-health-abbvie-hiv/china-testing-hiv-drug-as-treatment-for-new-coronavirus-abbvie-says-idUSKBN1ZP0QK
thorum查看英文原文
This is especially interesting since there have been reports that China was testing HIV treatments on patients with the coronavirus: https://www.reuters.com/article/us-china-health-abbvie-hiv/china-testing-hiv-drug-as-treatment-for-new-coronavirus-abbvie-says-idUSKBN1ZP0QK
历次讨论
- 2020Hacker News 讨论帖287 分 · 145 评
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